Anime ini berlatar cerita 2 tahun setelah penyerangan habis habisan antara CCG dan Anteiku. Anteiku adalah sebuah cafe kopi yang merupakan tempat bersembunyian dan perlindungan ghoul. Tapi, berbeda dengan ghoul liar diluar anggota Anteiku, ghoul didalam kelompok Anteiku bisa dibilang ramah kepada manusia dan tidak sembarangan menyerang dan memakan manusia.
Setelah penyerangan tersebut, sang tokoh utama, Kaneki telah kalah dari Arima Kishou dan menjadi tahanan di CCG. Tapi, setelah beberapa waktu, CCG membuat sebuah grup pembasmi ghoul yang didalamnya terdapat anggota hasil transplantasi antara manusia dan ghoul, dan diketuai oleh Sasaki Haise.