Yamada-kun to 7-nin no Majo menceritakan tentang seorang siswa nakal yang sering berkelahi, membuat onar, malas dalam pelajaran yang bernama Yamada Ryuu. Yamada merasa bahwa kehidupan disekolahnya ini sangat membosankan. Suatu hari saat sedang dalam perjalanan menuju kelas, suatu insiden terjadi. Yamada menabrak seorang siswi cantik dan pintar yang merupakan teman sekelasnya yang bernama Shiraishi Urara. Akibatnya, mereka berdua jatuh dari tangga dan menyebabkan Yamada tidak sadarkan diri. Akhirnya Yamada terbangun di UKS disekolahnya, namun ada yang aneh dengan dirinya. Ia terbangun dengan tubuh dari Shiraishi. Setelah ditelusuri lebih lanjut, ternyata mereka berdua saling bertukar tubuh akibat tidak sengaja "berciuman" saat insiden di tangga tadi. Ternyata Shiraishi merupakan salah 1 dari 7 penyihir disekolah itu. Setiap penyihir memiliki kekuatan yang berbeda, nah akibat kejadian ini Yamada bersama Shiraisi berniat untuk menemukan penyihir lain disekolah ini.